多肽是大分子，每條多肽序列在物理和化學特性上都有自己的獨特性。有些多肽合成起來很困難，還有些合成相對容易，但純化困難，其主要是不溶于水，所以在純化中，那些疏水肽必須溶于非水溶劑中或特殊的緩沖液，然而這些溶劑或緩沖液可能不適合應用于生物實驗系統，研究人員不能使用該多肽達到研究目的。
博奧森公司的合成人員經多年的摸索和積累，對研究人員的多肽設計提供一些建議：
一、變難為易
1、減少序列長度
肽的長度增加導致粗產物純度降低，小于15個殘基的肽較容易得到.當肽鏈增加到20個以上時，正常產物的量就要考慮。在具體實踐中殘基低于20往往能得到更好的結果；
2、減少疏水殘基
疏水殘基占明顯優勢的肽，尤其在距C端7―12個殘基的區域，會引起合成困難，一般認為由于合成中形成β折疊片，而產生不完全配對。當然，可用幾個極性殘基置換，或加入Gly或Pro易打開肽結構可能會得到幫助；
3、減少“難度”殘基
有多個Cys、Met、Arg、Try殘基一般難以合成，Ser通常可作為非氧化替換。
二、改善可溶性
1、改變N端或C端
酸性肽（pH值為7時帶負電荷）我們提議；N端乙酰化C端保持自由羧基，以增加負電荷。堿性肽（pH值為7時帶正電荷）C端氨基化N段自由氨基，以增加正電荷；
2、縮短或加長序列
某些序列含有大量疏水氨基酸，如Trp、Phe、Val、Ile、Leu、Met、Tyr、Ala等當這些疏水殘基大于50%通常難溶解。為增加肽的極性，加長序列可能會有幫助。另外一種選擇是通過減少疏水殘基的方法降低肽鏈的長度以增加極性。肽鏈極性越高，就越有可能溶于水；
3、加入可溶性殘基
對于一些極性氨基酸能改善可溶性。酸性肽可在N端或C端加上Glu-Glu.堿性肽可在N端或 C端加上Lys-Lys.若不能加入帶電荷集團。可以將Ser-Gly-Zer加到N端或C端。但是，當肽鏈的兩端不能改變時，此方法不行；
4、通過置換一個或多個殘基改變序列
肽鏈的可溶性可通過改變序列某些殘基來改善，一般對單個殘基的替換就能顯著改變其疏水性。而這種改變是較為保守的，如用Gly替換Ala；
5、選用不同“框架”來改變序列
如果能用某個序列制備許多長度一定的相互串聯或重疊的多肽，可以通過改變各個多肽起始點的方法來實現改變序列的目的。其原理是：在同一多肽的親水和疏水殘基間創造新的更好的平衡，或將同一多肽的“困難”殘基（比如將兩個Cys）放進兩個不同得多肽而不是集于同一個分子內。
